Budynek przy ulicy Szkolnej został wybudowany w 1937 roku i była to szkoła luterańska, która w czasie wojny przekształcona została na szpital polowy. Po wojnie osadnicy przybywający na Pomorze w ślad za przesuwającym się na zachód frontem II wojny światowej zaczęli spontanicznie tworzyć szkołę w Sypniewie już w maju 1945 roku. Organizatorem i pierwszym kierownikiem szkoły był Mieczysław Grzybowski – repatriant z Wilna. Przez ponad pół wieku szkoła ulegała wielu zmianom.
W roku 2004 przy szkole rozpoczęto budowę sali gimnastycznej. A w roku szkolnym 2006/2007 sala została oddana do użytku.
W roku szkolnym 2005/2006 Szkoła została przekształcona w Zespół Szkół Samorządowych. W jej skład wchodziła Szkoła Podstawowa i Gimnazjum. Uczniowie prowadzą naukę w dwóch budynkach. Klasy 1-3 uczą się w szkole przy ulicy Mickiewicza, a 4-6 i gimnazjum przy ulicy Szkolnej.
W szkole znajduje się pracownia komputerowa, którą dofinansowała Unia Europejska, świetlica, stołówka, gabinet pedagoga, gabinet dyrektora, sekretariat.